COVID-19

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Qu’est-ce que la Covid 19 ?

Une épidémie de pneumonies d'allure virale d'étiologie inconnue a émergé dans la ville de Wuhan (province de Hubei, Chine) en décembre 2019.

SARS_Cov2

Deux coronavirus ont entraîné des épidémies graves chez l’Homme : le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) responsable d’une épidémie mondiale de SRAS entre novembre 2002 et juillet 2003 et le Coronavirus du Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient (Mers-CoV) identifié pour la première fois en 2012 au Moyen-Orient [1,2].

Début janvier 2020, la découverte d’un nouveau coronavirus (d’abord appelé 2019-nCov puis officiellement SARS-Cov2, différent des virus SARS-CoV et MERS-CoV) en lien avec des cas groupés de pneumopathies a été annoncé par les autorités sanitaires chinoises et l’OMS [3].

Après une flambée épidémique en Chine en janvier-février, la situation épidémique a rapidement évolué en une véritable pandémie au niveau mondial Références:

[1] Ministère des Solidarités et de la Santé. Santé Publique France. Coronavirus COVID-19. 2020 [cité 30 mars 2020:]

[2] Institut Pasteur. Maladie COVID-19 (nouveau coronavirus). 2020 [cité 30 mars 2020.]

[3] OMS. Flambée de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).

Qualité de la preuve : niveau 1

Mots clés : COVID-19 ; épidémiologie [COVID-19 ; epidemiology]


Que sait-on de l’origine du coronavirus ?

Les coronavirus font partie d’une vaste famille de virus dont certains peuvent infecter les humains et être à l’origine d’un large éventail de maladies.

Trois épidémies mortelles sont déjà survenues au 21e siècle, dont celle en cours. Elles impliquent des coronavirus émergents, hébergés par des animaux et soudain transmis à l’homme.

Des études sur la pandémie de SRAS de 2003 ont suggéré un lien zoologique entre les premiers cas humains et le gibier sauvage. Le virus a été initialement isolé sur des civettes de palmier asiatique puis sur des chauve-souris en fer à cheval. Il a été signalé un taux de séroprévalence du SRAS de 80 chez les civettes, petits mammifères vendus vivants sur les marchés de Canton (Guangzhou) en Chine. Les chercheurs de l’Université de Hong Kong avaient conclu à un fort lien entre le développement de la maladie chez l’homme et la culture chinoise de consommation de ces animaux exotiques [1].

Pangolin

En 2019 bon nombre de premiers cas de SARS-Cov2 étaient liés au marché de fruits de mer de Wuhan, dans la province de Hubei, où un certain nombre d’espèces de mammifères étaient disponibles.

Un virus génétiquement identique au SARS-Cov2 de la chauve-souris a alors été retrouvé chez le pangolin, ou fourmilier écailleux, qui aurait servi d’hôte intermédiaire. Le pangolin fait l’objet de braconnage et d’un important commerce illégal sa chaire étant très prisée en Asie et ses écailles étant très utilisées par la médecine chinoise [2].

Les études sont nombreuses à insister sur la commercialisation des espèces sauvages et la propagation à grande échelle de virus comme celui de la COVID-19.

Références

[1] Coronavirus et Covid-19. La science pour la santé. [cité 30 mars 2020.]

[2] Cheng VCC, Lau SKP, Woo PCY, Yuen KY. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus as an Agent of Emerging and Reemerging Infection. Clin Microbiol Rev. 2007;20(4):660-94.

[3] Lam TT-Y, Shum MH-H, Zhu H-C, Tong Y-G, Ni X-B, Liao Y-S, et al. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature.26 mars 2020.

Qualité de la preuve : niveau 3

Mots clés : COVID-19 ; étiologie [COVID-19 ; etiology]

Que sait-on du mode de transmission du SARS-Cov2 ?

La COVID-19 est transmise par des personnes porteuses du virus.

La maladie peut se transmettre d’une personne à l’autre par le biais de gouttelettes respiratoires expulsées par le nez ou par la bouche lorsqu’une personne tousse ou éternue.

Ces gouttelettes peuvent se retrouver sur des objets ou des surfaces autour de la personne en question. On peut alors contracter la COVID-19 si on touche ces objets ou ces surfaces et si on se touche ensuite les yeux, le nez ou la bouche.

Il est également possible de contracter la COVID-19 en inhalant des gouttelettes d’une personne malade qui vient de tousser ou d’éternuer. C’est pourquoi il est important de se tenir à plus d’un mètre d’une personne malade.

Le virus responsable de la COVID-19 est-il transmissible par voie aérienne ?

Les études menées à ce jour semblent indiquer que le virus responsable de la COVID-19 est principalement transmissible par contact avec des gouttelettes respiratoires, plutôt que par voie aérienne [1].

Peut-on contracter la COVID-19 au contact d’une personne qui ne présente aucun symptôme ?

La maladie se propage principalement par les gouttelettes respiratoires expulsées par les personnes qui toussent.

Le risque de contracter la COVID-19 au contact d’une personne qui ne présente aucun symptôme est très faible. Cependant, beaucoup de personnes atteintes ne présentent que des symptômes discrets. C’est particulièrement vrai aux premiers stades de la maladie. Il est donc possible de contracter la COVID-19 au contact d’une personne qui n’a qu’une toux légère mais qui ne se sent pas malade [1].

Peut-on contracter la COVID-19 par contact avec les matières fécales d’une personne malade ?

Le risque de contracter la COVID-19 par contact avec les matières fécales d’une personne infectée paraît faible. Les premières investigations semblent indiquer que le virus peut être présent dans les matières fécales dans certains cas, mais la flambée ne se propage pas principalement par cette voie [1].

Peut-il y avoir une transmission par des animaux domestiques ?

Le virus SARS-CoV-2 se lie à un récepteur cellulaire spécifique, qui constitue sa porte d’entrée dans les cellules. Même si ce récepteur est identifié chez des espèces animales domestiques et semble capable d’interagir avec le virus humain, et que les études à ce sujet doivent être approfondies, l’agence de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES) dans un rapport rendu le 11/03/2020 a conclu qu’au vu des connaissances scientifiques disponibles il n'existe aucune preuve que les animaux de compagnie et d’élevage jouent un rôle dans la propagation de la maladie [3].

Par contre le virus peut subsister quelques heures sur le pelage d’un animal contaminé.

Par ailleurs, aucun élément ne laisse penser que la consommation d’aliments contaminés puisse conduire à une infection par voie digestive [3].

La transmission interhumaine est établie et on estime qu’en l’absence de mesures de contrôle et de prévention, chaque patient infecte entre 2 et 3 personnes [2]. Il est essentiel de se laver très régulièrement les mains avec de l’eau et du savon ou du gel hydro-alcoolique.

Références

[1] OMS. Maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) : questions-réponses.

[2] Institut Pasteur. Maladie COVID-19 (nouveau coronavirus). 2020 [cité 30 mars 2020].

[3] ANSES. COVID-19 : pas de transmission par les animaux d’élevage et les animaux domestiques [cité 30 mars 2020].

Qualité de la preuve : niveau 3

Mots clés : COVID-19 ; précautions générales [COVID-19 ; universal precaution]

Quelle est la durée de la période d’incubation?

La connaissance de la durée de la période d’incubation est essentielle pour l’exploration épidémiologique et la planification dans le contexte pandémique mais les déclarations ne sont pas toujours cohérentes et les données restent incertaines [1].

Les analyses statistiques des données collectées à partir de 11 791 cas confirmés au 31 janvier 2020 sur les différents sites gouvernementaux et sites d’information autour de l’épicentre de l’épidémie à Wuhan en Chine [2], ont permis de calculer la durée entre l’exposition et la manifestation de la maladie (incubation), le début de la maladie et l’admission à l’hôpital, le début de la maladie et le décès, l’admission à l’hôpital et le décès.

Le ratio hommes / femmes parmi les patients vivants était de 58%, la majorité entre 30 et 59 ans. Les décès concernaient majoritairement les hommes (70%) et les plus âgés. 85% avaient 60 ans ou plus.

Selon les règles de calcul des probabilités, après ajustement incluant ou non les résidents de Wuhan, la période d’incubation moyenne a été estimée à 5 jours (IC 95% : 4,2-6,0) en excluant les résidents de Wuhan et 5,6 en les incluant (5,0-6,3). Le délai moyen entre la déclaration de la maladie et l’admission à l’hôpital a été estimé à 3,3 jours (2,7-4,0) chez les sujets vivants et 6,5 jours (5,2-8,0) chez les sujets ensuite décédés. Le délai moyen entre le début de la maladie et le décès a été estimé à 15 jours (12,8-17,5) et à 8,8 jours (7,2-10,8) entre l’admission à l’hôpital et le décès.

Cette durée d’incubation est comparable à celles observées pour d’autres formes de syndrome aigu respiratoire sévère (SARS) et de syndrome respiratoire du moyen orient (MERS). En plus de mettre en évidence cette comparabilité ces études ont montré que compte tenu des variations interindividuelles la période d’incubation peut varier de 2 à 14 jours et qu’une période de quarantaine de 14 jours garantirait largement l’absence de maladie chez les sujets exposés [2].

Une autre étude sur 88 cas déclarés (57 hommes et 31 femmes) en dehors de Wuhan entre le 20 et le 28 janvier 2020 [3] a exploré l’historique des voyages depuis et vers Wuhan ainsi que la date de survenue des symptômes. L’âge variait de 2 à 72 ans. 63 étaient des résidents habituels de Wuhan ayant voyagé à l’extérieur et 25 des visiteurs y ayant séjourné pendant une durée limitée. L’historique du voyage et la date d’apparition des symptômes ont permis de déduire la durée possible d’incubation pour chaque cas. La durée de la période d’incubation varie de 2,1 à 11,1 jours avec une moyenne de 6,4 jours (5,6-7,7) et est en accord avec les fourchettes de l’OMS (0 à 14 jours) et des European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) (2 à 12 jours) [4]. Cette durée est similaire à celle du MERS (± 1 jours) alors que les données comparant le SARS et le SARS-Cov2 sont variables selon les études.

La période d’incubation médiane de l’infection COVID-19 est estimée à 5,1 jours et l’on peut s’attendre à ce que toutes les personnes infectées devant présenter des symptômes le fassent dans les 12 jours suivant la contamination justifiant l’isolement pendant 14 jours des contacts d’un cas confirmé.

Références 1. Lessler J, Reich NG, Brookmeyer R, Perl TM, Nelson KE, Cummings DA. Incubation periods of acute respiratory viral infections: a systematic review. The Lancet Infectious Diseases. 2009;9(5):291 300.

2. Linton NM, Kobayashi T, Yang Y, Hayashi K, Akhmetzhanov AR, Jung S, et al. Incubation Period and Other Epidemiological Characteristics of 2019 Novel Coronavirus Infections with Right Truncation: A Statistical Analysis of Publicly Available Case Data. JCM. 17 févr 2020;9(2):538.

3. [ https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.5.2000062 Backer JA, Klinkenberg D, Wallinga J. Incubation period of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infections among travellers from Wuhan, China, 20–28 January 2020. Eurosurveillance. 6 févr 2020;25;5].

4. European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Q & A on novel coronavirus. Stockholm: ECDC; 2020. [cité 3 mai 2020.]

Qualité de la preuve : niveau 3

Mots clés : COVID-19 ; épidémiologie [COVID-19 ; epidemiology]